As reprogramações até 20, 30% não causam qualquer problema, a partir daí já estamos a esforçar o motor em demasia.
Eu tenho 30% a mais à 130mil km sem qualquer problema.
A coisa que se deve melhorar é o filtro de ar, passar dos normais para um reutilizável (dito de rendimento). Eu optei por um K&N igual ao original.
Depois é o que o Miguel disse, nada de acelerações bruscas até o motor aquecer e depois de um andamento mais vivo deixar o motor ao "relentim" uns minutos... mas isso deve-se fazer até num motor não reprogramado

Alterações, um pouco mais de fumo nas acelerações e reduções, maior consumo em andamentos vivos e menor em andamentos calmos. Normalmente o carro também responde mais depressa, mas isso já depende da reprogramação feita, se a pensar em respostas mais rápida ou em velocidade de ponta.